DESAIN PRIMER IN SILICO TERHADAP GEN KLOROPLAS PADA GENUS CAPSICUM

Abstrak

Pada akhir abad ke-20, penelitian mengenai biodiversitas dan sistematika tumbuhan semakin berkembang dengan dukungan biologi molekuler, khususnya dalam identifikasi tumbuhan secara molekuler. Penggunaan penanda molekuler memberikan hasil yang konsisten, tidak dipengaruhi oleh kondisi lingkungan, dan dapat mendeteksi jaringan pada berbagai tahap perkembangan. Bioinformatika, sebagai bidang interdisipliner yang menggabungkan biologi molekuler dan komputasi, berperan penting dalam merancang primer untuk PCR. Desain primer secara in silico dilakukan menggunakan software Primer3Plus, Primer-BLAST, Integrated DNA Technologies (IDT), dan Clone 9 Manager. Kesuksesan desain primer sangat dipengaruhi oleh karakteristik seperti panjang, suhu leleh (Tm), dan persentase GC. Hasil desain terbaik dari desain primer tumbuhan Cabai (Capsicum sp) diperoleh pada pasangan primer nomor 1, dengan primer forward 5’-GGTCGTGAGTGGGAGCTTAG-3’ dan primer reverse 5’-TTCCTTGACCGATTGGGTAG-3’. Primer ini memenuhi kriteria ideal, termasuk panjang primer 20 bp, suhu Tm 59,83°C-59,93°C, dan persentase GC 60% untuk primer forward dan 50% untuk primer reverse. Selisih suhu Tm yang ideal sekitar 5°C menjamin keberhasilan amplifikasi. Desain primer yang baik ini berpotensi meningkatkan spesifisitas dan efisiensi dalam proses PCR.